Stjórn Barnaheilla fer með æðsta vald í málefnum samtakanna milli aðalfunda og ber meginábyrgð á rekstri þeirra. Í stjórninni sitja tíu manns með fjölbreyttan bakgrunn, sem brenna fyrir velferð og mannréttindum barna.Stjórnin annast um skipulag og starfsemi samtakanna samkvæmt lögum og vinnur með framkvæmdastjóra og skrifstofu samkvæmt starfs- og fjárhagsáætlun.
Þorbjörg Helga Þorgilsdóttir
Andrés Proppé Ragnarsson
Ingibjörg Magnúsdóttir
Sigrún Steinarsdóttir
Dagbjartur Brynjarsson
Guðrún Björnsdóttir
Hallgrímur Helgason
Andrea Rói Sigurbjörns
Árni Geir Pálsson
Lára Jónasdóttir